En Sudán del Sur, el 45% de la población es menor de 14 años, lo cual convierte a los niños en las principales víctimas del conflicto. La mayoría de ellos no tiene acceso a servicios de salud y casi un millón y medio sufre de desnutrición aguda. A esto se suma el difícil acceso a la educación. 2,2 millones de los niños no asisten a la escuela, convirtiéndolo en el país con la menor proporción de niños escolarizados. Las instalaciones educativas son comúnmente objetivo de las facciones armadas, pues se utilizan como refugio y cuarteles.

Las condiciones generales del país tampoco contribuyen a la asistencia humanitaria, haciendo doblemente costosa y peligrosa la tarea de asistencia. La deficiente infraestructura, la temporada de lluvias y el conflicto armado, dificultan el acceso a los distintos territorios del país. Asimismo, la capacidad alimentaria no es suficiente para cubrir las necesidades de la población debido a décadas de abandono administrativo y a la continua violencia. Para marzo del 2018, se estima que 5,1 millones de personas estarán en riesgo de hambruna.

Ante esta difícil situación resalta, igualmente, la emergencia sanitaria y la crítica situación de los refugiados. En las condiciones generales de hacinamiento, el saneamiento, la higiene y la eliminación de residuos son altamente inadecuados. Con esto, se incrementa el riesgo de propagación de enfermedades contagiosas o transmitidas por el agua, como el cólera, la malaria, el sarampión y la poliomielitis, así como el incremento de infecciones causadas por el agua contaminada, la desnutrición o los sistemas inmunes debilitados. Asimismo, hay un alto índice de mortandad infantil y de muertes relacionadas con el embarazo. Entre 8 y 10 mujeres mueren diariamente debido a complicaciones relacionadas con el embarazo, y alrededor de 1,900 recién nacidos mueren cada año. En la actualidad, Sudán del Sur se enfrenta a un brote de cólera de grandes alcances, con más de 13,000 casos reportados a la fecha.